发端于上实际八十年代的农村改革，使农村经济得到了迅速发展，农民生活水平有了明显的改善，这已是不争的实事。但发展中显现出隐患，改善中凸出失衡，这亦是无法回避的实事。“三农”问题的暴露，其实只是农村问题的外在表现，其深层次的原因：在于自然条件，历史形成的体制、政策等因素和伴随着农村改革中所产生的新的矛盾的负面影响，将会对农村经济的发展产生巨大的影响。
一、农村自然条件在发展农业经济和农村其它经济方面具有一定劣势。中国人多地少，可供耕种的土地面积则更少。随着人口增长，人力资源和土地资源已不相匹配。而且长期以来，以种植业为主单一农业经济结构，破坏原有地力生态结构。加之盲目过度的垦殖，破坏了原有植被环境，加剧土壤沙漠化进程。长期以来，由于农业技术落后，中国农业发展走的是一条低水平平面垦殖扩张的道路，农业增产以过多地消耗资源为代价，破坏了生态平衡，污染了环境，耕地面积逐年减少。据不完全统计，全国人均耕地占有量只有1.63亩，低于世界3.75亩的43%，加之水资源短缺，环境污染和水土流失严重。因此，自然资源中存在的劣势，制约农业经济和农村其它经济地发展。
　　二、历史形成的社会结构和政治、经济体制给农村发展埋下隐患。新中国成立后，建立了社会主义社会，为了快速发展中国经济，在当时环境下优先发展工业经济，实行城乡分治的经济体制无疑是正确。但随着不断发展变化的新情况，而社会结构、经济体制却一层未变，那么，原来积极的因素就会逐渐变成消极因素，甚至会阻碍农村经济的发展。
　　首先，城乡分割的户籍制度，人为将国民划分为享有不同的政治身份、经济收入和社会福利待遇的农民和市民。这种不合理的社会结构，限制农民的迁徙自由权和平等身份权。不仅遏制农村剩余劳动力的有效转移，降低农村劳动力的生产效能，而且还因为国家资源农村和城市的占有和分配的不平等造成市民的高工资、高福利、高劳保，农民的低收入、低福利、无劳保，市民经商、进厂、驻机关，世代生活在环境幽雅的城镇里,而农民世代务农,子子孙孙生活在环境恶劣的农村使农民有二等公民的感觉。这不仅不利社会的共同进步，而且给社会安定带来隐患。
其次，“一大二公”的政治体制，限制了农民的土地使用权和生产自主权。单一种植结构，低下的种植水平，将农村劳动力牢牢地捆绑在土地上。既影响了农民的生产积极性，又增加了农民生产成本。更主要的是平均主义滋长了人的惰性，而这种惰性使农民缺乏一种进取心和多样性发展意识。这种惰性不仅在当时历史背景下有害，而且蔓延至今。它既影响农民首创精神，又滋生农民潜意识下的嫉妒和不平衡心态，这是制约农村经济快速发展的重要因素之一。
　　第三、重工轻农的二元经济结构，制约了农村现代化发展进程。长期分割城乡二元结构体制,工农业产品价格剪刀,农业支持工业发展的产业政策，重工业和优先发展的工业化战略，发展壮大了中国的工业经济，但客观上也抑制中国农业经济的发展；城市公共用品的国家投资，农村共用品的农民自筹，客观上加大了农民负担。大量农村劳动力在农村的滞留，较低了农业效益;农业经营规模小，农村基础设施落后，社会化服务和社会保障的不到位,加剧了城乡差别。
　　三、伴随农村改革所产生的新矛盾制约了农村发展。农村改革使农村劳动力得到释放，农民逐步得到了土地的使用权、择业的自主权和剩余产品的支配权。但随着改革的深入，一些新的矛盾也逐渐显露出来，并成为农村经济发展的阻力。
首先，不规范的农村土地资源开发，加速了土地资源枯竭进程。（1）农民掠夺式土地垦殖方式，降低土地产出率。由于随着农村土地承包制的实施,农民各自占有经济资源和社会资源出现差别,如人少地多、劳动技能差、无力购买农用生产资料和生产工具的农民，不愿或一时无法转让承包土地，或因土地产出入不敷出而又要交纳各种税费，只好采取粗放经营方式来耕作土地，这既破坏了土壤地力，又降低土地产出率。上世纪九十年代中后期，土地抛荒面积或粗放经营面积达三层，严重达到目的达５０％，即使现在也不少于一层。（2）盲目地圈占农村土地面积，使本来就少的可耕地面积变得更少。随着城市经济的不断发展，城市规模的不断扩大，圈地浪潮席卷全国。占而不用，多占少用屡见不鲜。英国历史上的圈地，虽然也圈占了大量农田，但它通过发展工业解决了农民的就业机会。而中国目前的圈地，是用来发展城镇规模，建设楼堂馆所。农民不仅没有获得就业机会，而且因大量的耕地面积被占用或荒芜，使大批农民因此而失业。（3）不断恶化生态环境加速了农村土地沙漠化进程。由于水资源短缺（淡水资源严重不足,水资源的时空分布与人口耕地分布状况不协调,占耕地面积2/3的地区,水资源不到20%，占全国水资源80%的地区,耕地面积不到1/3）森林面积覆盖率低,占世界总量的3%，加之大量排放的废气、废水使耕地面积受到污染,加速了土地沙漠化。据有关部门统计：目前沙漠化面积已占陆地面积的27.3%，沙漠化使地力下降，农作物产出率降低；使草场退化，草原载畜能力下降。
　　其次，一家一户的耕作方式，已日渐成为滞缓农村现代化的阻力。土地家庭承包经营责任制，调动了农村生产积极性，提高农村劳动率效率，促进农村发展，改善农民生活条件，这无疑是一个巨大成就。但随着时间推移，很快遇到了一系列单家独户解决不了，解决不好的问题。突出表现在：农业生产结构单调，品种单一，生产、经营分散，无法形成产品优势和产量优势，面对入世的冲击变得难已招架；信息闭塞和缺乏对信息的正确选择，造成农民生产和农产品流通的盲目性，给生产者以误导；抵御自然灾害能力差，遇到大的自然灾害一筹莫展。特别是小生产与大市场之间的矛盾日益突出，由于农村缺乏能真正代表农民利益的经济组织，农民的组织化程度低，分散、弱小的经营方式制约了农产品的交易。农民以自由、零散的方式进入市场，面对社会上各种利益集团的权益侵蚀和不正当竞争，缺乏市场竞争力和自我保护能力。即便有一些零星、分散民间农产品交易组织，但由于缺乏管理和指导，极不规范，易受利益驱动。在农产品紧俏时，为牟利而哄抬物价；在农产品滞销时，为规避风险一哄而散，农民利益无法得到保障。
　　第三、农村投入资金的日趋短缺，使农村生产条件难以改善。由于历史所形成的城乡分割的二元经济体制的思维观念仍未改变，国家对农村投资总额很少，而对农村基础建设投资则更少，加之农民收入经过改革初期增长后，很长一段时期内呈缓慢增长，甚至一度停滞或负增长，而农民自身又无法筹资来改善生产条件，致使农业效益难以持续提到。特别是道路交通、农田水利等基础设施，早已超负荷运转。（1）强制运行的陈旧的农村生产条件逐渐变得疲软。农村现有的基础设施，不仅在总量上与现阶段农村发展不相适应，而且在增量上也不能满足现阶段农村经济发展的需求。现有的农业水利工程设施，大多数是上世纪五、六十年代修建的，其中大部分已年久失修。功能老化，河渠淤塞，配套不全，带病运行。久雨便渍，久晴则旱。农业水利设施保障能力下降，已成为农田水利设施的通病。而且缺乏管理。近些年来成灾面积、受灾面积和成灾率呈上升趋势。另外，农村道路交通虽有所改善，但数量不多，质量标准高。不通公路村为数不少，更不说不通公路村民小组或农户则更多。交通闭塞，导致农民生产的农产品不能及时运出，影响农产品销售价格，减少农民收入。（2）现行体制客观上减少了改善农业生产条件的投入。首先，一家一户耕种模式使农村劳动力过于分散，对农村公共设施改善所需的劳力、资金，村级基层组织难以集中组织和统一调度。而农户由于自身素质和过多地考虑眼前利益，不愿过大地投入农村公用设施改善所需的人力和物力，客观上降低了农民改善公共设施（农业生产条件）积极性。其次，由于村级原始积累，在农村改革改革开放初期几乎被分光，而农民收入近几年呈下降趋势，农村企业又不景气，村级积累资金所剩无几，农村集体自身无力解决农村公用设施（农村生产条件）改善所需资金。其三，近两年开展农村税费改革，虽然解决了农民负担过重的问题，但由于最初设计不大规范，在减轻农民负担的同时也为农村公用设施改善缺乏资金来源埋下了隐患。“一刀切”式出“出工不出钱，出钱不出工”的办法，虽然限制农村用工总量和出资总额，但对农村公用设施改善时所需人力物力，如何筹集只用一句笼统的“一事一议”来打发，而无明晰的政策规定。一方面，一些农民由于素质不高，片面理解农村税费改革政策，对合理的筹资，议而不出；另一方面，一些村干部为小团体或自身利益，滥用“一事一议”政策，采取有事不议，无事乱议，劳民伤财。因此，这既为少数村干部滥摊派再次开了方便之门，又限制农村劳力和资金村集体适度调剂的灵活性，使村集体无力改善农村公用设施（农村生产条件）。（3）不尽合理国家投资导向，导致农村公用品投资严重不足。长期以来，国家都是采取一种重工轻农，重城市轻农村的资金投资导向，走的是一条以农补工的路子。据有关资料显示，1998—2001年国家对农田水利和农村生态环境地投入的国债资金为1400多亿，仅占国债投资总额的28%，加上中央预算内，农业基本建设投资和水利建设资金也只有1900亿左右。而这些投入大部分用于大江大河治理，真正用与农民增收直接相关的中小型基础设施的投入却相当有限。城市的道路、交通、电力、通信所需资金全部由国家出自资，农村的这一切则大部分由农民自筹。
　　第四、资源共享的失衡，剧增了农村贫富悬殊距离。随着农村改革的不断深入，农民的土地使用权、生产自主权、择业自由权和产品支配权得到保障，人格受到尊重，农村社会阶层也由此发生分化，形成了农业种养者、农民雇工、进城农民工、农村个体工商户、私营业主、农村知识分子、农村管理者等七个阶层。由于他们自身的经济条件、个体素质（智商水平、道德素养、教育程度）、所处地理环境和占有社会资源（社会地位、融资渠道、官场背景）的不同，加剧农村贫富悬殊。首先，收入差距扩大。农村改革前，在计划经济体制下农民收入分配平均化，农民收入分配的基尼系数为0.2左右。而农村改革后的1988年，农民分配的基尼系数第一次超过0.3，并逐年扩大。1998年为0.44。据国家统计局农户家庭收支状况调查结果显示，2000年18..73%的家庭人均年纯收入在0~999元，34.5%在1000~1999元，在2000~2999元占领区21.09%，在3000~3999元占10.28%，在5000元以上的占据15.4%。中等收入、最低收入、最高收入的比值在2000年为36：100：342。高低收入者间的差距越来越大。其次，社会地位悬殊。随着农村收入差距的拉大，人们受教育的程度和参加社会活动的机会也不同。寄宿贵族学校，高额自费留学已成时尚。买官贿官来扩大知名度和社会影响，比比皆是；化上百万买村官做，已不是新闻。收入低者的微薄收入仅能维持基本生活，长时间禁锢在几亩薄田上，无力也无心让子女读书，更不用说参与国家政治和社会活动，也就无法提高他们文化素质、技术水平和参政议政的能力。对自身的权利，不是去争取和珍惜，而是采取放任自流，或是阿Q精神胜利法来自嘲。对别人宰割或奴役，只有忍气吞声并习以为常。如农村的村民代表大会，一些青壮年劳动力宁愿在家睡觉或娱乐，也不愿参加。到会的只是一些老弱病残和妇幼，只因参会有报酬才去凑数，致使村民大会形同虚设，所议之事既无主意，也就不了了之。缺少民主的决策，容易产生村干部的腐败或独断专行，而且贻害村民。特别是村委会和各级人大代表的换届，这应该说是一件法律性和民主意识很强的大事，而一些村民仍将此视同儿戏。随意性，盲目性很大，多为宗族利益和金钱贿选所操纵，其荒谬程度更是令人啼笑皆非。
　　第五、不切实际的政绩工程，加速农村基层积累的赤贫。农村改革初期，随着农村经济发展的全面提速，各项工程建设全面铺开，各种达标检查也接踵而来。（1）农村结构调整不顾实际一轰而上。首先，乡镇企业昙花一现。上世纪九十年代之前，乡镇企业蓬勃发展，确实给农村经济带来活力。但由于人才、技术、资金、市场缺乏，企业组织化程度低等方面的先天不足，生产的产品结构单一、技术含量低，销售手段原始，在城市工业发展和国际形势变化的冲击下，乡镇企业无力招架，纷纷倒闭。大面积亏损，使投入的高息借款无力偿还；破产、改制，又使集体资产大量流失，乡村债台高筑。其次，农业内部结构调整，地方官员避实就虚，调整上求大、求新、求全。左一个模式，又一个样板，不是追求农业生产效益的最大化，而是追求个人政绩最突出，劳民伤财。（2）道路交通、水利、电力等基础设施建设贪大求洋。这些工程不是胡子工程，就是花架子工程，甚至是豆腐渣工程。如一个人口不足2000，人均纯收入不足1000元的村庄，竟修建了一条连接村庄两头的八米宽的高等级水泥路，除少部分争取国家补贴外，其大部分靠村民集资，其承受负担之重可想而知。（3）村级学校、诊所重复建设，劳民伤财如。如一个不到4000名学生的乡镇，竟有教学楼10座，而且其中9座为普九达标验收而新建，目前校舍空置率达40%以上。有很多校舍用来圈养牛羊和家禽，甚至破坏或倒塌。这些不切实际的建设或发展，致使乡村负债累累，基层财政十分拮据。加速了基层财政的赤贫，加剧了农民负担。
　　第六、市体系不健全，农村发展经济具有盲目性。随着中国的入世，农村经济的发展也由传统经济向市场经济发展，信息网络不完备、流通渠道不通畅、技术服务不便利、法律咨询不健全，成为制约农村经济发展的瓶颈。（1）信息网络不完备。完备的信息网络，是联系政府、市场、客户和生产者之间的纽带，快速传递的正确信息，是农民致富，农村发展的重要手段。而目前农村状况是信息服务不到位，获取信息的成本又较高。在生产和流通上表现为，农民生产和农产品流通的盲目性。由于农民习惯听从于政府号召，加之农民自身素质不是很高，缺乏对信息识别能力，如果不能及时给农民提供准确的信息，就容易造成农民生产盲目仿效和一哄而上。结构雷同，品种单调，造成流通环节堵塞，市场秩序的混乱，产销价格的扭曲。(2)在农村劳动力的转移上表现为，民工流的盲目、无序的流动。这既增大了流动成本又对社会安定带来威胁。农村经济发展到今天，依靠农业增效来发展农业经济的潜力几乎发掘殆尽，耕地面积有效利用、单位农副产品生产总量、农副产品价格提价等能增加农民收入的各项因素都已最大化，且达到极限值。因此，再要增加农民收入，只有通过农村劳动力从土地上转移出来获取资金才能增收，而这之中除了进行农村产业结构调整外，最直接的方式是向城镇输送农村剩余劳动力来。增加农民收入。但由于某种原因，一些外出务工的农民技能低下且单一，信息不准，情况不熟，往往1000元出去带回的只是10 00元费用单据。有的即使留下了，除一部分有文化的打工者外，有很大一部分只是做临时工，或做城镇居民认为低等、繁重或危险的工作，报酬低工资得不到保障，而且还遭受城里人的白眼。有的干脆流窜于城乡之间，影响地方安定。（3）流通渠道不通畅。农业产业化经营组织不健全，农民生产的农副产品靠一家一户的推销，面对全球大市场，已不适应形势发展的需要。目前农户生产规模普遍较小，由于农产品数量有限和运力不足，单个无法家庭进入销售市场，只有卖给农产品销售中间商。而管理上的不规范，有些中间商见利忘义，贱买贵卖。在农副产品销售旺季有些粮食中间商，明知此时不是最佳销售价格，有意一哄而起将农副产品一扫而光，待行情看涨时农户已无农副产品可卖。望着中间商大赚其钱大肆咒骂，或自认倒霉。有的故意哄抬物价，使一些市场信息不灵的农户囤积待价而错失最佳销售良机。如农户平时所需资金大部分靠农副产品变现来换取资金，中间商见农户变现心切，故意压级压价，既赚取市场差价，又套取国家粮食补贴费（因为目前补贴依据是国有粮食收储企业收购的粮食清单）。（4）技术服务不便利。随着农村改革的深入，乡村统的功能逐步萎缩，为民服务意识逐步淡化。如对与农业增收有关的种子安全、农资市场等缺乏必要的规范和管理，以劣充优，以次充好，假冒伪劣充斥市场，坑农害农。对与农民增产有关的农作物病虫害防治、牲畜防疫等方面的服务，随着“一刀切”式的改革方案而逐步消失。造成这种现状的原因，一是受编制所限，不该精简的人员被精简，造成农技人员不足。二是国家对这方面投入有限，劳资待遇低，社会保障差，农技人才大量流失。（5）法律保障机制不健全。国家虽然出台了农业法，但缺乏与之配套的相关细则。即使有也很不完善。特别是农产品销售、病虫防治、防疫、农业品种改良、农业保险、农民工权益保护等方面的法规、细则更少，致使农民利益受到侵害时无法讨到说法，更不用说得到保护和补偿。
　　第七、旧有的思维方式和行政体制仍禁锢着人们的思想。二十多年的农村改革，真正意义上讲只是把农民从土地束缚上解放了出来，从军事化的组织结构（人民公社）中解脱出来，从一切财物都归公的分配制度下释放出来，使农民获得择业权和剩余产品支配权。但一些核心敏感的问题，如土地所有权、行政体制等方面的改革尚未触及，旧有思维方式和行为准则仍束缚人们的手脚。（一）欺上瞒下的政策失信于民。由于农村改革总是囿于有形的方面，而无形的如制度、体制尚未触及，因此人们的行为方式仍习惯上传下达。农民对党和国家的政策的熟悉和理解仍习惯于省、市、县、乡、村、组、户七级转达，而各级官员出于自身利益或地方保护主义，随意篡改和肢解党和国家的政策，加之缺乏必要的约束监督机制，使其失信于民。破坏了党的形象，损害农民利益。如随意改变国家拨付资金的用途。挪用扶贫资金、国家项目建设资金，如长江整险、移民建镇资金，使扶贫形势和农村基础设施改造不容乐观。在农村税费改革政策上，将计税面积、计税标准的测算简单化，使农户间税赋不平衡，加剧农村矛盾。片面理解农村劳务“一事一议”收费项目，将其作为固定性收费，增加了农民负担。（二）虚报浮夸的政绩贻害于民。地方官员为了捞起政治资本，一是办花架子工程，办政绩工程。通过办路边花，搞样板工程，盲目而大面积地推广农作物品种，减少农民收入。二是谎报数字，谎报产量，谎报产值，借债搞建设，加重农民负担。