农村税费改革从制度层面上开始动摇了城乡二元结构的基础，其政治和经济意义都是空前的。2004年“一号文件”提出的“多予、少取、放活”的原则，是国家宏观政策的重要转变。落实这一原则，需要进一步深化农村税费改革。税费改革牵一发而动全身，必须通盘考虑、整体推进。　　
　　农村税费改革的阶段性成效　
　　我国农村税费改革大致经历了两个阶段。第一阶段是从2000年到2003年，改革内容是取消针对农民的一切收费项目，调整农业税税率，实行农业税及农业税附加的政策。中央确定的农村税费改革主要思路是，“三项取消”、“两项调整”和“一项改革”，即取消乡统筹费、农村教育筹资等专门面向农民征收的行政事业性收费和政府性基金、集资，取消屠宰税，取消统一规定的劳动积累工和义务工；调整农业税和农业特产税；改革村提留征收使用办法。为了保证农村税费改革试点的成功进行，防止农民负担的反弹，中央财政向由中央认定的农村税费改革试点省市区连续进行财政转移支付。农村税费改革大大减轻了农民的负担，实践证明是富有成效的。　　
　　改革的第二阶段是从2004年开始。国务院决定5年内取消农业税，当年对黑龙江、吉林两省先行免征农业税改革试点，对河北等11个粮食主产省、区农业税税率降低3个百分点，其余省份农业税税率降低1个百分点，农业税附加同步降低，沿海及其他有条件的地区，可以进行免征农业税试点。另外，中央还规定从2004年开始取消农业特产税。为了支持当年农村税费改革的实施，中央又将对地方的财政转移支付增加到510亿元。2004年实行取消农业特产税、部分地区免征农业税、降低农业税税率政策后，全国农民由此又减轻负担294亿元。　　
　　农村税费改革的政治、经济影响，不亚于当年的农村实行家庭承包经营，它从制度上开始动摇了由传统计划经济体制造就的城乡二元结构的基础，其政治和经济意义都是空前的。
　　当前农村税费改革遇到的问题　　
　　农村税费改革确实减轻了农民负担，但也暴露出一些问题，这些问题既有历史遗留问题，也有改革中出现的新问题。　　
　　一是乡村两级收入减少而支出不变甚至还有增加，使得基层组织运转面临着困难。在实行农村税费改革以后，尽管有中央财政的巨大转移支付，但不足以弥补乡村财政因改革引起的收支缺口。在行政经费支出压力下，个别已经实行了税费改革的农村地区，又向农民征收新的税费。今年农村税费改革进一步加大力度，又使一些地区基层地方政府财政收支压力增大，财政收支缺口扩大。因此，个别地区为了填补财政漏洞，维持基层政权的正常运转，仍以各种隐性方式变相向农民收费，重新加重农民负担。这说明农民减负的基础并不牢固，防止农民负担反弹的政策机制亟待完善。个别地区顶风向农民收费，严重损害了农民利益，干扰了党中央农村税费改革政策的顺利实行，影响了农业税收减免政策的实际效果，造成新的干群关系紧张。　　
　　二是乡村两级长期形成的沉重债务难以消化。当前我国乡村两级的债务主要是由过去农村九年制义务教育达标、农村道路建设、农田水利基础设施建设、举办乡镇企业、小康村达标等积累起来的。改革前，这些集体债务只能通过“三提五统”和向农民摊派来偿还，而现在乡村两级不得再向农民乱收费，历史沉淀下的集体债务就落到了乡村两级政权身上。根据农业部调查，2001年我国乡级债务已经达到1776亿元，平均每个乡镇债务达400万元，典型乡镇超过1000万元，村级债务规模平均每个行政村从1990年到2002年累计超过100万元。如此庞大的历史债务沉淀，既是农村税费进一步改革的障碍，也是乡村管理机构改革的难题。　
　　三是农村公共物品的供给出现严重缺位。农村税费改革以前，农村基础设施建设主要依靠“三提五统”经费和对农民的集资摊派来解决，尽管这加重了农民的负担，但农村公共物品供给还有来源。税费改革以后，取消“三提五统”，实行一事一议制度，进一步免征或降低农业税，使得农村教育、卫生、文化、乡村道路、饮水、通讯等基础设施建设缺乏资金的保障。由谁负责农村公共物品的供给，是当前农村急需解决的重大问题。　
　　四是农村税费改革缺乏相关配套改革的有力支撑，使得其在改革进程中没有牢固的制度基础。不断膨胀的县乡机构就像一口永远填不满的“老虎机”，不断吞食着农村的经济资源。从1994年到2000年，全国县乡财政供养人员增加了708万人，总人数达到2959万人，再加上73.5万个村民委员会的300多万基层干部，很显然，如果乡村机构和冗员减不下来，农村税费改革的成果就很难保得住。还有，在县一级中，2002年全国县级事业单位有39.5万个，职工1712万人。庞大的事业单位无论从机构数量还是从从业人员看，都是现行财政收支体制难以支撑的，这些单位随时都有向农民收费的强大动力。对这些单位不进行改革，农民负担就始终有反弹的危险。　　
　　改革农村税费体制的新政策思路　
　　农村税费改革要想取得彻底成功，既要依赖自身改革的不断完善和深化，也要有其他改革措施的配套。当前，农村改革已经到了必须进行综合配套改革的阶段，任何单项改革的“单兵作战”，都很难取得预期效果。　　
　　一是必须坚持继续降低农业税率的政策。今年，实行免征或降低农业税、取消农业特产税已经使农业税（含特产税）减少了290多亿元，按照2003年的两税总额计算，还剩130多亿元，再加上80多亿元的农业税附加，总计约220亿元，我国完全有条件全部取消农业税。　　
　　二是合理调整国民收入分配结构和政策，进一步加强农村基础设施建设，改善农民的生产和生活环境。要落实对农业、农村“多予、少取、放活”的方针，将国民收入分配向农业和农村倾斜，通过调整财政资金和国债资金投资重点，大力增加农村公共基础设施投入。从长期来看，国家要彻底改革目前城乡二元的公共物品供给政策，把农村公共基础设施建设从以农民为主逐渐变成以各级政府财政为主，让农民在公共物品享用上能够获得最基本的国民待遇。　　
　　三是进一步巩固和完善以县级政府管理为主的农村义务教育管理体制。农村义务教育管理职责上收到县一级后，对于农村义务教育办公经费和教师工资，要纳入到财政预算之内，要保障经费来源，中央和省级政府必须增加对农村义务教育、公共卫生服务等方面的专项转移支付，以确保税费改革后农村义务教育和公共医疗卫生运行不受影响。　　
　　四是加快推进县乡行政管理体制的改革步伐，切实精简县乡以及农村的管理机构和财政供养人员。在积极推进县乡行政管理体制改革的基础上，还要认真研究我国现行行政管理层级过多的问题，寻找改革途径和办法，减少行政管理层级，提高政府办事效率。有条件的地区可学习浙江省的经验，改“市管县”为省直管，下一步先让市级层次弱化，然后再来取消市级政府层次。必须尽快改革乡镇政府，取消乡镇级政府机构，取消乡镇级财政设置，将财权和事权上划到县，压缩编制，裁减工作人员，让其改称乡镇公所，使其成为县级政府的派出机构。鉴于我国地区差异比较大的特点，东部地区县可以划小，由几个镇可以合并成县级层次；中西部地区有些区域也可以根据经济社会发展实情，将县扩大或缩小。村级基层组织也要改革，思路是能合并村的就合并，不能合并的要压缩村委会成员，这样可以减少管理环节，节约财政成本，并能从体制上避免基层政府向农民加重各种税费负担。　　
　　五是清理乡村债务，解决历史遗留问题。乡村债务是由政府公共物品供给缺位造成的，中央和省级政府应承担更大的清偿责任。按照制止新债、搞清旧债、分类处理、逐步消化的思路解决乡村债务问题。只有合理科学地解决好乡村债务问题，才能为进一步农村税费改革扫清障碍。　　
　　六是坚持中央财政继续向农村税费改革地区转移支付政策，并不断加大转移支付力度。乡村财源不足、债务沉重是影响农村税费改革的主要矛盾。特别是在中西部地区，这一矛盾更加突出。为了保证税费改革能尽快推广，其成果又不被侵蚀，中央应该重点增加中西部地区的财政转移支付资金，并从制度上保障中央财政资金不被地方政府截留。同时，中央要相应减少向东部地区的转移支付，而东部沿海地区省级政府要向基层政府增加财政转移支付，以缓解这些地方政府财源不足的矛盾，给农村税费改革创造宽松的外部条件。　　
　　众所周知，我国现行农业税收制度是计划经济体制时代延续下来的，带有明显的城乡二元结构特征，不管是税费改革前还是改革后，对农民征税同城市居民所采取的政策不同。从协调城乡关系的角度看，我国农村税费制度改革应和城市的税制改革统筹考虑，最终目标是消除城乡二元税制结构，实行城乡统一的税收制度。以此目标衡量，在取消农牧业税后，我国农村税费改革的第三阶段内容，应该是实行城乡统一税制。不过，在今后相当长的时间里，对农业、农民应先实行免税和零税政策，待农民真正富裕起来达到全面小康生活水平后，再考虑按城乡同一税制向农民征税的问题。总之，对城乡居民实行公平税费和公平负担，是在农民负担减轻后农村税费进一步改革的主要目标。