随着社会主义市场经济体制的完善和公共财政体制的逐步确立，以及部门预算、国库集中收付、政府采购等各项财政改革的不断深入，现行科目体系的弊端也越来越明显，突出地表现在以下几个方面：
　一是与市场经济体制下的政府职能转变不相适应。目前财政收支结构发生了很大变化，但作为反映政府职能活动需要的预算收支科目，却明显带有过去政府代替市场配置资源的色彩。
　二是不能清晰反映政府职能活动。我国现行预算支出科目主要是按“经费”性质进行分类的，把各项支出划分为行政费、事业费等等。这种分类方法使政府究竟办了什么事在政府预算上看不出来，很多政府的重点支出如农业、教育、科技等都分散在各类科目之中，形不成一个完整的概念，不透明，不清晰，往往造成“外行看不懂，内行说不清”。
　三是财政管理科学化和财政管理信息化受到制约。现在还缺乏一套完整的支出经济分类科目体系，这对细化预算编制，加强预算单位财务会计核算，以及提高财政信息化水平都带来一定的制约。
　四是财政预算管理和监督职能弱化。现有《政府预算收支科目》只反映财政预算内收支，不包括应纳入政府收支范围的预算外收支和社会保险基金收支等，给财政预算全面反映政府各项收支活动、加强收支管理带来较大困难，尤其是不利于综合预算体系的建立，不利于从制度、源头上预防腐败。
　五是与国民经济核算体系和国际通行做法不相适应。我国国民经济核算体系以及金融统计指标体系均按国际通行标准作了调整，而政府预算收支科目体系一直未作相应改革。
　财政部从1999年底开始启动政府收支分类改革的研究工作，并于2004年底形成了《政府收支分类改革方案》。通过试点，一些地方和部门反映新的科目体系总体是科学的、可行的。2005年12月27日，经国务院批准，政府收支分类改革正式进入实施阶段。新的政府收支分类包括三个内容：
　第一，对政府收入进行统一分类。一是扩大了范围，在原来一般预算收入、政府性基金预算收入、债务预算收入的基础上，将预算外收入和社会保险基金收入纳入了政府收支分类范畴，并形成了统一编码；二是体系上做了调整；三是科目层次更为细化。
　第二，建立新的政府支出功能分类体系。这是这次科目改革的核心。新的支出功能分类则从根本上作了改变，不再按经费性质设置科目，而是按政府的职能和活动设置科目，政府各项支出究竟做了什么事，就能直接从科目上看出来。这样政府的钱做了什么事，做每项事花了多少钱，在预算上就能清楚地反映出来，老百姓也就看得懂了。
　第三，建立新型的支出经济分类体系。支出经济分类简单说就是对支出的具体经济构成进行分类。比如用于小学教育的支出，究竟是盖了校舍还是发了工资，就要通过经济分类来反映。在新的政府收支分类改革完全到位后，通过有效的信息系统，就可对任何一项财政收支进行“多维”定位。也就是可以看出每一笔资金的多个特征，比如这笔钱是哪个部门花的，做了什么事，是怎么去做的，都清清楚楚。
　新旧科目的衔接是政府收支分类改革的一个关键环节，重点要把握以下几个问题：
　一是新科目体系与现行预算管理方式的衔接问题。二是科目口径的变化和数据转换问题。三是法定支出的考核口径问题。需要强调的是，2007年的预算编制在2006年下半年就要着手进行。此前，2006年上半年还要进行新旧科目相关数据的转换，整个改革工作时间很紧，任务也很重，但改革的推进确实有利于财政预算管理的透明化、规范化和科学化，这也是财政管理的又一次自我革命。